Здравствуйте. Если трещина была не велика, и Вы уверены что герметик, или иные вещества которыми заделывали трещину не попали в масло, тогда можно долить, естественно новое масло.
Также, осмотрите состояние масла в АКПП, если оно мутное, или пахнет гарью - тогда лучше его сменить.
Херсон, Skoda Octavia