Такие переделки нигде не описаны, и кто их совершает, действует на свой страх и риск. Ни один мануал не содержит инструкций к такой замене, так что можно тглько предполагать причину неисправности. Мотор и трансмиссия должны обмениваться данными о включенной передаче и не только. Скорее всего, именно этот протокол нарушен, от чего блок управления мотора некорректно работает. Поможет его перепрограммирование или замена.