Здравствуйте.
Проблема вероятнее всего в двигателе, а не в АКПП. По опыту очень похоже на пропуски впрыска, в этом случае могут быть проблемы в топливной системе с насос-форсунками. Так же возможен подсос воздуха в системе впуска. ЭБУ рассчитывает количество топлива для определенного количества воздуха, но из-за поступления неучтенного воздуха впрыскивается меньше топлива, проверьте все соединения, хомуты и воздушный фильтр на предмет герметичности. По опыту еще это может быть связано с системой вентиляции картерных газов, так же проверьте работу клапана EGR.
Москва, Audi A5